模式层是知识图谱的概念模型和逻辑基础，对数据层进行规范约束. 多采用本体作为知识图谱的模式层，借助本体定义的规则和公理约束知识图谱的数据层。也可将知识图谱视为实例化了的本体，知识图谱的数据层是本体的实例。如果不需支持推理, 则知识图谱(大多是自底向上构建的) 可以只有数据层而没有模式层。在知识图谱的模式层，节点表示本体概念，边表示概念间的关系。
在数据层, 事实以“实体-关系-实体”或“实体-属性-属性值”的三元组存储，形成一个图状知识库. 其中，实体是知识图谱的基本元素，指具体的人名、组织机构名、地名、日期、时间等。关系是两个实体之间的语义关系，是模式层所定义关系的实例。属性是对实体的说明，是实体与属性值之间的映射关系。属性可视为实体与属性值之间的 hasValue 关系，从而也转化为以“实体-关系-实体”的三元组存储。在知识图谱的数据层，节点表示实体，边表示实体间关系或实体的属性。
